Merkur má mnohem vyšší hustotu než Měsíc (5,34 g.cm-3, Měsíc 3,34 g.cm-3). Merkur je ve sluneční soustavě těleso s druhou největší hustotou, hned po Zemi. Zemská hustota je ale způsobena zčásti gravitačním stlačením, takže nebýt tohoto vlivu, Merkur by měl nejvyšší hustotu z celé sluneční soustavy. Z toho vyplývá, že Merkur musí mít husté železné jádro, relativně větší než u Země, které tedy tvoří většinu objemu planety. Proto má Merkur pouze relativně tenký křemičitý planetární plášť a kůru. Předpokládá se, že jádro má v průměru 1800 až 1900 kilometrů a vnější obal (kůra a plášť) má tloušťku jen asi 500 až 600 kilometrů.
Až do průletu sondy Mariner 10 vědci netušili, že planeta Merkur má magnetické pole. Jeho intenzita je zhruba 1% intenzity magnetického pole Země. Je to zdánlivě slabé pole, ale je daleko intenzivnější než například magnetická pole planet Venuše či Mars. Magnetické pole produkuje magnetosféru kolem planety a má sklon 7 stupňů vzhledem k Merkurově ose otáčení. Je to u planet druhý největší sklon osy magnetického pole. Největší sklon magnetického pole má Pluto. Zdrojem pole je pravděpodobně částečně roztavené železné jádro uvnitř planety. Protože planeta Merkur je malá, její jádro se mělo již dávno zpevnit. Přítomnost magnetického pole však naznačuje, že železné jádro zůstalo přinejmenším částečně roztavené. Magnetické pole je s největší pravděpodobností vytvářeno rotací tohoto roztaveného jádra. Dalším zdrojem pole by mohlo být například železo ukryté v horninách planety, které bylo zmagnetováno v minulosti, v době, kdy planeta měla ještě silné magnetické pole. Když se poté planeta ochladila a zpevnila, mohl se v tomto železe udržet zbytkový (remanentní) magnetismus, který zaznamenala sonda.
